Francisco Fontanilles y Quintanilla nació en Barcelona el 16 de enero de 1833.
Cursó los estudios de ingeniero, entró en la Administración Militar con la categoría de oficial, y se marchó a Puerto Rico en 1856 destinado a la Secretaria de Gobierno de la Isla.
Más tarde, pasó a Cuba como Oficial de Intendencia General de Hacienda, y fue nombrado sucesivamente como Secretario del Gobierno Civil de la Habana, de la Junta de Libertos, de la Diputación General de Pinar del Rio, y Jefe de negociado en el Banco Español de esa ciudad.
Fue polemista, y director de varios periódicos, incluyendo El Imparcial de Matanzas que según Eusebio Martínez de Velasco era el órgano del Partido de Unión Constitucional en esta provincia de Cuba. 
Además de escribir Autonosuya, curiosa novela político-burlesca, Fontanilles escribió un libro de historia que le dedicó al oficial español Arsenio Martínez Campos  (1831–1900), capitán general de la Isla de Cuba: Compendio de la Historia de España (1879)  y algunas cartillas de instrucción primaria, entre las que está Elementos de aritmética para uso de las escuelas de instrucción primaria elemental y superior (1868), publicado en Puerto Rico.
Fontanilles y Quintanilla murió en el barco que lo llevaba de regreso a España en 1887.